Baboo mesmo depois de passar o Defraggler, é normal ter arquivos que ainda ficam desfragmentados?
Sim, pois usualmente não é possível ter 100% de fragmentação, pois alguns arquivos não podem ser fragmentados quando o Windows está em uso, como o arquivo de pesquisa do Windows, arquivos de antivírus, etc. Por isso é recomendável executar a desfragmentação offline indo em Configurações > Desfragmentação na Inicialização.
Além disso, eu sugiro você executar a versão de testes do PerfectDisk Pro, sendo que eu detalho o uso da versão Server dele nesse vídeo:
Se você quer saber mais sobre fragmentação de arquivos, assista: