Como sabemos, a cada ano o horário de verão começa e termina em dias diferentes e com isso, o Windows não pode configurar corretamente o horário de verão.
Com o Time Zone Editor, aplicativo da própria Microsoft, você poderá configurar quando o horário de verão começa e quando termina.
É muito simples, confira abaixo:

1) Quando abrir o programa, ele já selecionará a zona em que o computador se encontra. Clique em "edit".

2) Na janela para editar a zona, configure como o terceiro (third) domingo (sunday) de Fevereiro (February) às 2:00:00 do GMT.
Desta forma, o horário de verão estará de acordo com o decreto de 19/Set/05, que especifica esta data para fim do horário de verão em 2006. Veja o decreto em http://www.mme.gov.br/site/news/detail.do?newsId=5236
3) Clique em "OK", depois feche o programa e pronto. O Windows já está configurado corretamente. Caso você seja gerente de TI e possua várias máquinas para configurar, leia o artigo da Microsoft em http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;pt-br;317211
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