Existem pelo menos 6 bons scanners online de malwares: VirusTotal, Jotti's Malware Scanner, VirSCAN, Virus.org Malware Scanner, VirusChief e FilterBit.
O site Raymond.cc fez um interessante estudo e comparação entre estes 6 scanners para ver qual oferece os melhores resultados e as suas características. Ele comparou o número de antivírus utilizados para escanear um arquivo enviado, tempo necessário para fazer o upload e a varredura, métodos adicionais de upload, informações do arquivo, progresso do upload, a página de relatório e a exatidão dos resultados.

Os resultados: Todos os 6 scanners não requerem Java ou ActiveX. Segundo o teste, o VirusTotal é claramente o vencedor, uma vez que supera os outros sites em todos os testes! Ele é capaz de escanear um arquivo com 100% de taxa de detecção do trojan Bifrost, com 32 antivirus, no menor tempo.
Veja o teste completo aqui.
Fonte: Fórum do BABOO